一些实用的用于免疫组化分析的手机应用程序

2018-05-31 10:26:31 浏览0 作者

 过去十年来,智能手机上的科学应用程序(app)已从针对细菌、植物和动物的总体概述转变为针对特定的研究领域和实验技术,包括那些辅助免疫组织化学分析(immunohistochemistry, IHC)的应用程序。

如今有大量与IHC相关的应用程序可供科学家使用,因此找出哪一个应用程序最适合您的需求可能是非常耗时的。为了帮助解决这个问题,Alexander E. Kalyuzhny基于自身的长时间测试对最适合于IHC实验室工作的手机应用程序进行简要概述。Kalyuzhny尝试着分析了设计出来作为IHC开发工具(IHC productivity tool)的应用程序,以及那些能够帮助研究人员选择用于IHC和组织染色的初级抗体的应用程序。

图片来自Unol/iStock。
 

基于三十多年的IHC经验,Kalyuzhny认为IHC应用程序应该充当解决问题的工具,而不仅仅是从网站上复制下来的实验方案和抗体目录的集合。通常,实验方案和抗体提前很久就被选择好,在实验过程中不会加以改变。然而,通常由于需要染色的样本数量在最后时刻会发生变化,以及突然注意到存在实验缺陷,这就需要更改对抗体稀释液及其工作体积的计算,这对IHC染色的成功至关重要。因此,正如下面评述的那样,诸如IHC Navigator之类的应用程序似乎是在实验环境中最为实用的,而且Kalyuzhny希望在不久的将来看到更多的这方面的应用程序。

一、IHC开发应用程序
(1)SoS IHC (适用于iOS 操作系统和安卓操作系统)
这个应用程序专为利用IHC进行诊断的病理学家设计。它列出了大量的肿瘤类型,以及每种肿瘤类型特征性的阳性和阴性生物标志物。它能够作为肿瘤抗原的快速参考指南供病理学家使用,但不提供IHC实验方案。该应用程序包括当面对不明确的结果时使用哪种初级抗体的建议,但不提供有关IHC检测试剂或抗体稀释计算的信息。

(2)HER2 Reader(仅适用于iOS操作系统)
这个应用程序通过解析雌激素受体(ER)、孕激素受体(PgR)和表皮生长因子受体2(HER-2)的IHC染色数据,专注于肿瘤诊断。通过输入ER阳性(ER+)、PgR阳性(PgR+)和HER-2阳性(HER-2+)细胞的数量以及IHC信号的强度和膜染色的轮廓,这个应用程序就确定可能的肿瘤类型。除了用于IHC之外,它还基于每个细胞的HER-2拷贝数量解析HER-2原位杂交(ISH)数据,并通过计算HER-2/CEP- 17(centromere enumerator probe 17)的比例,分析HER-2扩增。它并不提供IHC实验方案或抗体稀释计算工具。

(3)IHC Navigator(仅适用于iOS操作系统)
这是一种用于诊断和基础科学研究的抗体稀释度的IHC计算器(IHC calculator)应用程序。用户输入抗体原液浓度,需要染色的载玻片数量以及每张载玻片上抗体工作溶液的大致体积,这种应用程序就可准确地计算应将多少抗体原液和抗体稀释液混合在一起来制备用于单色或多色IHC的抗体工作液。它有一个非常有用的功能,该功能允许用户根据组织切片区域确定抗体工作溶液的体积。这个应用程序允许用户保存计算结果。此外,这个应用程序还允许用户利用在多孔板和腔室载玻片(chamber slide)中培养的细胞来计算用于免疫细胞化学分析(immunocytochemistry, ICC)的抗体工作溶液。它不包括IHC实验方案。

二、试剂应用程序(Reagent apps)
(1)Thermo Scientific Pierce Antibodies(适用于iOS 操作系统和安卓操作系统)
赛默飞世尔科技公司(Thermo Scientific)是一家知名的研究和诊断用生物试剂制造商。这个应用程序是该公司网站的缩短版本,允许用户为不同的应用(包括IHC和ICC)选择抗体。这个应用程序包括三个主要部分,包括检测细胞器的抗体,用于神经科学研究的抗体,以及用于免疫印迹的蛋白上样内参(protein loading control),其中蛋白上样内参与开展IHC和ICC的研究人员无关。研究人员能够使用前两个部分作为抗体参考和价格购买指南。看起来,它的主要重点是神经科学研究,这使得这个应用程序在IHC应用方面具有有限的价值。如果赛默飞世尔科技公司增加其他方面(如免疫学干细胞)的应用将会是非常有帮助的。

(2)Abcam(仅适用于iOS操作系统)
这个应用程序由知名的且信誉良好的抗体供应商Abcam公司提供。Abcam公司将针对包括IHC在内的不同抗体应用的实验方案放入到这个应用程序中。这种IHC实验方案清单是非常广泛的,涵盖了实验方案的许多方面,如组织固定和处理、抗原修复、显色和荧光检测以及缓冲液配方。Abcam公司在编写这些实验方案方面做得很不错,这些实验方案比较详细且易于遵循。看来这个应用程序是Abcam网站的精简版本,而且很可能适用于需要随时接受IHC指导的研究人员。该应用程序包括一个所谓的“质量稀释计算器(mass dilution calculator)”,明显是在抗体稀释方面提供帮助。然而,它是相当原始的,而且并不计算整个IHC实验所需的抗体工作溶液的总体积,也不会估计不同大小的组织切片所需的抗体工作溶液体积。 

(3)FlashKarte Histology Stains(仅适用于iOS操作系统)
这个应用程序是单独地使用常见组织染色或者将它与IHC联合使用的研究人员的自测程序。它被设计为一组随机闪存卡(random flash cards),描述了染色剂的化学成分及其组织染色模式。该应用程序简单易用,它可能被医学生和组织学技术人员用作常见的组织染色的参考指南。在选择用于IHC的抗体或计算它们的体积和稀释度方面,它没有提供任何实验方案或实用建议。(生物谷 Bioon.com)

注释:Alexander e.Kalyuzhny是Bio-Techne公司免疫组织化学和ELISpot经理,与这些应用程序开发者没有任何关系。

参考资料:

Opinion: How to Use Mobile Apps for Immunohistochemistry