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准备国自然基金,这两个数据库好用到爆!
作者:小张 来源:小张聊科研 2017-08-24

 

2018年的国自然基金评审结果已经公布,很多人又要开始准备新的一轮基金申请了,今天我们梳理几个申请课题时最好用的数据库。

 

1. Genecards:http://www.genecards.org/

这个数据库我们去年10月份介绍过,参见文章:听说你开题缺素材……,这个数据库收录了以Gene为中心的基本信息、相关疾病、功能注释的结果(信号通路和GO注释)、分子的定位、基因的物种保守性以及上下游的调控关系,比如PTTG1这个基因的:

这样围绕PTTG1这个基因的基本信息就都包括了,我们在准备基金设计课题的时候就能让我们很好的了解这个基因。

 

2. The Human Protein Atlas:http://www.proteinatlas.org/

 

这个数据库我们也介绍过,参见文章:(工具篇)S5E50:航母级神器——蛋白组学结果大收录!,通过这个数据库收录了的信息包括蛋白在组织、细胞和肿瘤里面的表达情况,更好用的是有各种免疫组化、免疫荧光以及肿瘤表达的结果:

在病理结果中,这个数据库刚更新了基于TCGA的数据库与肿瘤患者预后的关系:

这样就有了基因在临床样本和细胞中的实验信息了,另外有了基因在样本中的表达以及患者的信息,我们还可以做通过相关性分析、单因素和多因素分析评价基因与各病理参数以及作为预后指标的表现,是另外一个非常好用的工具。