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SNPs简介
作者: 来源: 2014-03-29

  

 

  单核苷酸多态性(英语:Single Nucleotide Polymorphism,简称SNP,读作/snip/)指的是由单个核苷酸—A,T,C或G的改变而引起的DNA序列的改变,造成包括人类在内的物种之间染色体基因组的多样性。例如,来自两个不同个体的DNA片段,AAGCCTA和AAGCTTA为等位基因。几乎所有常见的单核苷酸多态性(SNP)位点只有两个等位基因。单核苷酸多态性(SNP)位点的分布是不均匀的,在非编码区比在编码区更常见。一般来说,自然选择倾向于保留最利于遗传适应性的单核苷酸多态性(SNP)位点。]其他因素,如基因重组和突变率也可判断单核苷酸多态性(SNP)位点的密度。

  单核苷酸多态性(SNP)的密度可以通过微卫星DNA进行预测。AT微卫星是单核苷酸多态性(SNP)密度有效的检测方式,在单核苷酸多态性(SNP)显著降低及较低GC含量的区域,AT出现大片重复。

  在一个种群中,单核苷酸多态性(SNP)可以以次要等位基因频率的形式体现,即那些等位基因频率很低的基因座。单核苷酸多态性(SNP)等位基因的频率在不同人群中具有差异性,因此,常见于某地区或民族的单核苷酸多态性(SNP)等位基因在其他的地区或民族则可能很少见。

  DNA指纹图谱是指个体间的遗传变异(尤其是在基因组的非编码区),常被用于法医学。同时,这些遗传变异也构成了人体对疾病易感性的差异,以及疾病的严重程度及治疗效果的差异。例如,载脂蛋白E(APOE)的单碱基突变与阿尔兹海默病发生高风险相关。

  人类遗传基因的各种差异,90%可归因于SNP引起的基因变异。在人类基因组中,每隔100至300个碱基就会存在一处SNP位点。每3个SNP位点中有2个会是胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)的相互转变。

  SNPs的研究意义

  遗传标记

  具有已知性、可遗传性、可检测性,用于疾病基因的定位、克隆和鉴定。

  基因多态与疾病相关性

  研究SNPs 本身对机体的影响,尤其是疾病的易感性、个性化医疗。

  SNPs检测方法的分类

  1、测序方法:常规测序, Pyrosequencing(焦磷酸测序),微测序(SNaPshot)

  2、基于杂交的方法:Taqman 探针法,Microarray 芯片法,

  3、引物延伸:MALDI-Tof,dHPLC(变性高效液相色谱技术)

  4、以构象为基础的方法:RFLP,SSCP,DGGE

  5、溶解曲线:HRM(高分辨率溶解曲线分析技术)

  溶解曲线

  1、溶解曲线----HRM技术

  步骤:

  序列比对---引物设计--- DNA 提取---荧光染料(EvaGreen 或LC green)PCR ---结果分析。

  优点:

  高通量、简单、快速、省钱、高灵敏度;

  闭管检测,避免污染造成的假阳性;

  可检测已知和未知SNP;<400bp扩增产物内SNP,灵敏度和精确度100%。

  与传统的扩增后需借助额外的仪器进行凝胶电泳的非均一性的突变检测(例如dHPLC)相比,HRM提供了更高特异性和灵敏度的检测,同时允许了更高的样本检测通量,大大降低了成本。

  缺点:

  HRM检测成本构成:

  DNA提取费用;

  PCR反应费用;

  荧光染料Evagreen费用(较低)。

  HRM检测SNP特点

  检测成本最低;

  唯一真正实现高通量的SNP检测方法,人工成本最低;

  唯一闭管操作,步骤最少,可靠性极高

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