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促进菌群研究从相关到因果
作者: 来源: 2017-12-08

  Nature:新方法,促进菌群研究从相关到因果!

  ① 在结肠炎小鼠模型中定殖不同菌群,生存状况各异,共饲养让菌群有交流,小鼠展现出结肠炎中度敏感性;② 利用“微生物-表型三角剖分法”,发现毛螺菌科可防止疾病,通过定向微生物培养技术,明确Clostridium immunis阻止结肠炎倾向性小鼠死亡;③ 该方法具有普适性,利用它成功鉴定几种诱导一种肠道抗菌肽表达的共生菌;④ 对完全不同的表型,该方法将相关性微生物组分析“升格”为因果性微生物鉴定,预计可在人类微生物组研究中被广泛应用。

  Moving beyond microbiome-wide associations to causal microbe identification

  2017-12-06  DOI: 10.1038/nature25019

  NC:住院婴儿肠道和病房大量共享菌株

  ① 早产婴儿与足月婴儿有不同的菌群定殖模式,医院的病房环境可能影响婴儿菌群发展;② 在住院婴儿中检测到的一些菌株在水池里及水池表面也存在,属于表皮葡萄球菌、粪肠球菌、绿脓假单胞菌和肺炎克雷伯菌,与院内感染和早产婴儿肠道定殖相关;③ 在检测到的15株肺炎克雷伯菌菌株中,有4株在婴儿肠道和病房中都可检测到;④ 几乎所有与婴儿肠道定殖相关的菌株都同时存在与婴儿肠道及医院病房中,且通常在肠道中检测到之前就能在病房中检测到。

  Strain-resolved analysis of hospital rooms and infants reveals overlap between the human and room microbiome

  2017-11-27  DOI: 10.1038/s41467-017-02018-w

  NEJM:一文读懂非酒精性脂肪性肝炎(综述)

  ① 非酒精性脂肪性肝炎(NASH)与超重和肥胖及代谢综合征密切相关,850万人的调查显示,80%的NASH患者超重或肥胖,72%血脂异常,44%诊断为2型糖尿病;② 肝细胞损伤和死亡是NASH鉴别诊断的关键,肝细胞损伤诱导应激应答;③ PNPLA3和TM6SF2多态性等遗传学因素以及肠道共生菌改变等环境因素,促进NASH和相关肝损伤的发生;④ 准确的诊断包括肝损伤的程度、纤维化的水平,治疗针对代谢应激、炎症和纤维化三个环节,目前正在进行多项临床研究。

  Cause, Pathogenesis, and Treatment of Nonalcoholic Steatohepatitis

  2017-11-23  DOI: 10.1056/NEJMra1503519

  ERJ:妊娠期哮喘对男女婴的肠道菌群影响不同

  ① 选取来自加拿大的1021对母婴,分析3-4月龄婴儿的粪便菌群丰度与怀孕期间哮喘治疗的相关性;② 产前哮喘母亲生育的男婴在3-4月龄时肠道中含有较少的乳杆菌属,与出生方式和其它协变量(包括母亲种族、喂养方式、抗生素等)无关;③ 如果哮喘母亲孕前超重,男婴肠道中的乳杆菌属进一步降低,女婴肠道则富含拟杆菌科;④ 在食物或环境过敏的母亲中,男婴肠道菌群组成也有上述类似的差异。

  Sex-specific impact of asthma during pregnancy on infant gut microbiota

  2017-11-01  DOI: 10.1183/13993003.00280-2017

  SR:孕期头三月的阴道菌群,可预示早产风险

  ① 近期研究显示,阴道菌群组成与早产/足月产有相关性,对阴道菌群数据库进行meta分析,研究阴道菌群对早产风险的影响;② 结果显示,在早产孕妇及足月生产的孕妇之间,孕期头三个月的阴道菌群多样性具有显著差异,足月产孕妇的阴道菌群多样性更高,提示这项指标可能用于预测早产风险;③ 介绍了一种新的菌群多样性度量标准,相比于已有的度量标准有着更好的诊断能力;④ 这项新度量标准可在早期以高精确度预测早产风险。

  First-trimester vaginal microbiome diversity: A potential indicator of preterm delivery risk

  2017-11-23  DOI: 10.1038/s41598-017-16352-y

  NC:海洋异养细菌中的卡拉胶分解代谢通路

  ① 卡拉胶是大型藻类细胞壁中的主要多糖,研究海洋异养细菌Zobellia galactanivorans的卡拉胶分解完整代谢通路;② 卡拉胶代谢依赖于卡拉胶诱导的调节子,包括非典型多糖利用位点(PUL)及PUL远端的基因(包括susCD样基因对);③ 海洋拟杆菌门中的卡拉胶利用系统十分保守,但在其它门的海洋异养细菌中存在差异;④ 不同的细菌物种中,卡拉胶利用系统由核心系统及附加功能构成。

  Carrageenan catabolism is encoded by a complex regulon in marine heterotrophic bacteria

  2017-11-22  DOI: 10.1038/s41467-017-01832-6

  mBio:噬菌体在海洋中的时空分布

  ① 对北太平洋副热带环流中的噬菌体宏基因组序列DNA进行分析,以探究时间和空间对特异性噬菌体种群数量分布的影响;② 相较表层水体,中层深度水体中的溶源性噬菌体更为普遍;③ 噬菌体基因型呈现出离散型的种群结构,在时间序列中持续存在,深度结构则反映了水体中共生细菌分类群的深层分布情况;④ 而表层、中层噬菌体在多样性、基因组成、假定生活史、时间持续性等方面存在差异,说明空间深度对宿主基因组结构和噬菌体繁殖策略的影响。

  Bacteriophage Distributions and Temporal Variability in the Ocean's Interior

  2017-11-28  DOI: 10.1128/mBio.01903-17

  EMJ:益生菌在治疗糖尿病中的可能机制与潜在疗效(综述)

  ① 临床试验证实,益生菌可有效降低糖尿病患者的空腹血糖、胰岛素水平,并改善Hb1Ac及胰岛素抵抗;② 对氧化应激、炎症因子、脂质等参数均有显著效应,无不良事件报道;③ 作用机制包括调节免疫分化及胰岛素敏感度、抑制致病菌粘附肠道及易位至脂肪组织、改善肠道屏障功能;④ 常用的益生菌包括乳杆菌属、双歧杆菌属、芽孢杆菌属、酵母属、链球菌属、梭菌属;⑤ 文献中关于益生菌的种类、剂量以及功效等级不一而同,需进一步的临床试验进行探究。

  ROLE OF PROBIOTICS IN DIABETES: A REVIEW OF THEIR RATIONALE AND EFFICACY